„Cobra“ dreht sich um eine gesamtnationale Notlage in Großbritannien. Das sogenannte Cobra-Kommittee versucht fortan den Schutz der britischen Bevölkerung sicherzustellen. Es besteht aus Experten, Entwicklern von Notfallplänen und den führenden Politikern. Der Premierminister Robert Sutherland (Robert Carlyle) und seine Stabschefin Anna Marshall (Victoria Hamilton) stehen vor schier unmöglich erscheinenden, politischen Entscheidungen und sehen sich zeitgleich Angriffen der Opposition ausgesetzt.